📘 GATK教程：基因组分析工具详解

GATK（Genome Analysis Toolkit）是Broad研究所开发的广泛使用的基因组数据分析工具，适用于变异检测、基因组重注释等任务。以下是关于GATK教程的核心内容概览：

📋 1. 教程结构

• 入门指南：了解GATK的基本功能与安装方法
  • 安装步骤：点击此处获取安装说明
  • 环境要求：Java 11+、Apache Spark（可选）
• 核心模块：
  • 变异调用（Variant Calling）
  • 基因组重注释（Reannotation）
  • 数据预处理（Preprocessing）
• 实战案例：通过示例学习如何分析真实数据

📊 2. 常见操作流程

1. 数据准备
   • 对齐工具（如BWA）生成BAM文件
   • 使用picard进行质量控制
2. 变异检测
   • 运行gatk HaplotypeCaller
   • 结果输出为VCF格式
3. 结果分析
   • 使用gatk VariantAnnotator添加注释信息
   • 可视化工具（如IGV）展示变异位置

📌 3. 扩展资源

• GATK官方文档（英文）
• 本站GATK使用指南
• 基因组分析入门教程

🖼 图片展示

如需进一步学习，可参考基因组分析入门教程了解基础概念。