SWISS-MODEL 是一个基于模板的蛋白质结构预测工具,通过同源建模技术帮助研究人员快速获得目标蛋白的三维结构模型。以下是使用指南和关键要点:
🧬 基本原理
SWISS-MODEL 采用以下流程:
- 序列比对:将目标蛋白序列与已知结构数据库(如 PDB)进行比对
- 模板选择:自动挑选最匹配的模板结构
- 模型构建:基于模板生成目标蛋白的三维模型
- 验证分析:提供模型质量评估报告(如 QMEAN 分数)
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🚀 使用步骤
- 访问 SWISS-MODEL 官方网站
- 点击 "Homology Modeling" 进入建模界面
- 输入目标蛋白序列(支持 FASTA 格式)
- 等待系统自动搜索模板并生成模型
- 下载结果文件(通常包含 PDB 格式结构文件)
⚠️ 注意事项
- 模型准确性取决于模板匹配度
- 建议使用至少 50 个氨基酸长度的序列
- 可通过 "Advanced Options" 调整建模参数
- 需注意模型的分辨率和 RMSD 值
📌 本教程演示了 SWISS-MODEL 的基础功能,如需深入学习结构生物学知识,可进一步阅读 分子建模基础