IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款强大的生物信息学工具，用于可视化基因组数据。以下是一些IGV的高级功能教程，帮助您更深入地了解和使用IGV。

快速导航

1. 轨道管理

轨道是IGV中用于显示不同类型数据的方式。以下是一些轨道管理的技巧：

  • 添加轨道：通过File > Open 菜单，可以选择多种格式的数据文件添加到IGV中。
  • 编辑轨道：右键点击轨道名称，可以选择编辑轨道的属性，如颜色、线型等。
  • 排序轨道：通过拖动轨道名称来调整轨道的顺序。

IGV轨道管理

2. 数据导入与导出

IGV支持多种数据格式的导入和导出：

  • 导入：支持多种基因序列、变异、表达数据等格式。
  • 导出：可以将当前视图的图像导出为PNG或JPEG格式。

3. 遗传变异分析

IGV提供了强大的遗传变异分析功能：

  • 变异注释：可以通过NCBI、UCSC等数据库对变异进行注释。
  • 变异过滤：可以根据遗传背景、变异类型等条件进行过滤。

IGV遗传变异分析

4. 遗传关联分析

IGV可以与外部工具如PLINK进行遗传关联分析：

  • 导入PLINK文件：通过File > Open 菜单，选择PLINK文件导入IGV。
  • 分析关联：使用IGV内置的关联分析工具，对遗传变异进行关联分析。

IGV遗传关联分析

5. 链接其他工具

IGV可以与其他生物信息学工具进行链接：

  • GATK：IGV可以与GATK进行联合使用，进行变异检测和注释。
  • CNV viewer：IGV可以与CNV viewer进行链接，显示拷贝数变异。

IGV与其他工具链接

更多IGV高级功能教程，请访问IGV官方文档。